News

 

11 July 2016

Ineke Braakman appointed in board of NWO

Prof. Ineke Braakman, Professor of Cellular Protein Chemistry, will become the chair of the domain Exact and Natural Sciences (ENS) on January 1, 2017 of the Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO). “The current board of NWO is delighted about the new appointments and looks forward to realising a supple and quick transfer in the autumn in good consultation with the new board,” says Jos Engelen, chair of the Governing Board of NWO.

NWO has taken an important step in the transition to a new organisation with a new governance. The members of the new Executive Board, who will assume their responsibilities with effect from 1 January 2017, are now known. Besides the new chair of NWO announced at the start of June, professor Stan Gielen, the Executive Board will consist of a member for Operations and Finances and four scientific members, who after the amendment to the NWO Act will each chair one of the future domain boards. These four scientific members are professor Ineke Braakman, professor Jeroen Geurts, professor Jaap Schouten and professor Wim van den Doel. Caroline Visser will be the board member with the portfolio Operations and Finances. The members of the new Executive Board will assume their responsibilities on 1 January 2017.

ABOUT INEKE BRAAKMAN

Prof. L.J. (Ineke) Braakman (1960) will become the chair of the new NWO domain Exact and Natural Sciences (ENS) with effect from 1 January 2017. Ineke Braakman has been Professor of Cellular Protein Chemistry at Utrecht University (Bijvoet Centre for Biomolecular Research) since 2000 and studies the formation of proteins in our cells and the possible abnormalities in these that can lead to diseases such as cystic fibrosis, Alzheimer’s and ALS. She studied pharmacy at the University of Groningen where she also obtained her PhD degree on the topic of ‘Hepatocyte heterogeneity in organic cation transport’. During a postdoctoral period at Yale University she obtained four years of experience in molecular cell biology. Over the years she has received funding from NWO for her research, including NWO Chemical Sciences, NWO Earth and Life Sciences and from ZonMW.

Braakman has extensive experience in research management. From 2003-2006 and from 2012-2013 she was a member of the board of the Department of Chemistry of Utrecht University. She also was co-chair of the Dijkgraaf committee that generated in 2014 the visiondocument ‘2025 Chemistry and Physics: Fundamental for our Future’, and she was a member of the committee that implemented the Sector Plan Physics and Chemistry (Breimer committee). Between 2006 and 2012 she was a member of the board of the NWO Chemical Sciences division.

More about Ineke Braakman

NEW NWO: NEW ORGANISATION AND NEW BOARD STRUCTURE
The organisation of NWO will be set up in a more efficient and transparent manner. The current nine divisions of NWO will be clustered into four domains: Exact and Natural Sciences (ENS), Applied and Engineering Sciences (AES), Social Sciences and Humanities (SSH) and Health Research and Development (ZonMw). Furthermore, the institutes will be brought together in an institutes organisation.

With effect from 1 January 2017 the organisation will start with the new organisation structure and the members of the new Executive Board will assume their responsibilities. After an amendment to the NWO Act, Ineke Braakman, Jaap Schouten and Wim van den Doel will become the domain chairs of ENS, AES and SSH respectively. Geurts will start on 1 January as the chair of the independent ZonMw, which is expected to be integrated as the fourth domain within NWO by the start of 2019.

The future Executive Board of NWO will function as a collegiate board and will be responsible for the integral strategy and programming of the organisation and the allocation of the budget across the domains and institutes. These changes will enable NWO to position itself more strategically, to increase its decisiveness and organisational capabilities, to deploy funds more flexibly, and to increasingly work with a single coherent programming.

In the press release of NWO you can read more about the members of the new Executive Board of NWO.

Source: Persbericht UU

1 July 2016

Zon-Mw TOP grant for research into the cause of Alzheimer’s

Prof. dr. Casper Hoogenraad (Utrecht University), Dr. Stefan Rüdiger (Utrecht University) and Dr. Ruud Toonen (VU Amsterdam) have jointly been awarded a Zon-Mw TOP grant of 675,000 euros. With this grant, they hope to be able to make a breakthrough in their research into the molecular cause of Alzheimer’s. The composition of their team is exceptional, and will provide an interdisciplinary perspective on this field of research.

TRANSPORT OF VESICLES
The millions of nerve cells in the human brain communicate through the fusing of vesicles at billions of synapses between the nerve cells. The mechanism by which vesicles are transported and delivered at the synapse is largely unknown. It is becoming increasingly clear that problems with vesicle transport are at the root of the occurrence of various diseases of the brain, such as Alzheimer’s disease. Hoogenraad, Rüdiger and Toonen research the way in which vesicles are propelled within the nerve fibres in the nerve cells of Alzheimer’s patients.
PREVENTING TAU PROTEIN AGGREGATION
It is known that clumps of the so-called Tau protein affect synapses and that this leads to detereoration of memory. That is why the research group wants to study the role of Tau protein in the process of vesicle transport. They are investigating whether it is possible to use chaperone proteins to prevent the aggregation of Tau protein, so that the transport system can recover. Chaperone proteins help proteins to fold and help to carry out quality control on existing proteins. Together with his colleagues, Rüdiger has already clarified the mechanism of binding between chaperone protein Hsp90 and Tau protein, which makes it possible to develop targeted substances that can influence the function of Hsp90. In this way, it may be possible to prevent the aggregation of Tau protein.
SCIENCE FOR LIFE
The research groups of Hoogenraad (Biodynamics and biocomplexity), Rüdiger (Cellular Protein Chemistry) and Toonen (Functional Genomics) are joining forces to use their research, Chaperoning axonal transport in neurodegenerative disease, to make steps towards treating Alzheimer’s disease. Eventually, they intend to unravel the mechanism responsible for the transport of vesicles to the synapses where signal transfer occurs, how this transport is affected in Alzheimer’s patients and how Tau protein aggregation can be manipulated to help treat disease related defects. This study is therefore a good example of Science for Life.

Source: Persbericht UU

14 Oktober 2015

Ambitieuze studenten leveren waardevolle bijdrage aan de wetenschap

Bachelor- en masterstudenten publiceren onderzoek honourstraject en stage

Dominique Hagemans, Stefan Rudiger en Ianthe van Belzen

Van links naar rechts Dominique Hagemans, Stefan Rüdiger en Ianthe van Belzen

Publicatie
‘A script to highlight hydrophobicity and charge on protein surfaces’,
Dominique Hagemans, Ianthe A.E.M. Van Belzen, Tania Morán Luengo en Stefan G. D. Rüdiger
Frontiers in Molecular Biosciences, 13 oktober 2015 |http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2015.00056

Masterstudente Dominique Hagemans en bachelorstudente Ianthe van Belzen zijn de eerste en tweede auteur van een publicatie in Frontiers die in 3 weken tijd al ruim 190 keer is bekeken. Samen ontwikkelden zij een script dat in computersimulaties van grote eiwitten met kleuren aangeeft welke atomen positief geladen, negatief geladen of hydrofoob zijn. Die informatie is belangrijk, omdat hier eventuele interacties met andere eiwitten kunnen plaatsvinden. “Een mooi voorbeeld van hoe ons bachelor- en masteronderwijs studenten met ambitie al vroeg in staat stelt een waardevolle bijdrage aan de wetenschap te leveren”, aldus hun trotse begeleider dr. Stefan Rüdiger (Scheikunde).

Met de tot dan toe beschikbare software kon òf de lading òf het hydrofobe karakter van de atomen zichtbaar gemaakt worden, maar niet beide. Dominique pakte de suggestie van Rüdiger op om voor haar onderzoek naar Hsp90 te proberen die twee te combineren. “Zij zag de mogelijkheden die dit bood en heeft hier het maximale uitgehaald”, aldus Rüdiger. “Daardoor zien we nu in één keer wat de samenstelling van het oppervlak van Hsp90 is, wat essentieel is om het functioneren te begrijpen.” Hsp90 is een belangrijk eiwit in de cel, omdat het andere eiwitten helpt zichzelf goed te vouwen. Als Hsp90 niet goed functioneert, kan dit onder meer leiden tot de ziekten van Alzheimer en Parkinson, en sommige vormen van kanker.

Ongeloofelijk slim
Ianthe raakte bij het onderzoek betrokken toen ze, als onderdeel van het honourstraject tijdens haar eerste jaar Molecular Life Sciences, met Dominique ging meelopen om wat van het labwerk te leren. “Maar toen zij mij haar script liet zien, leek het mij veel leuker daaraan mee te werken. Ik heb een jaar Kunstmatige Intelligentie gestudeerd en ook op de middelbare school al geprogrammeerd.” Ianthe veralgemeniseerde het script, waardoor het op ieder willekeurig eiwit toepasbaar is. “Zij had al wel programmeerervaring maar dan nog, ze is gewoon ongelooflijk slim”, vertelt Rüdiger.

Heel veel van geleerd
Het idee om hun werk te publiceren kwam op tijdens het jaarlijks symposium van het Bijvoet Centrum. Daar toonde een Amerikaanse visiting professor uit het vakgebied zich zeer geïnteresseerd in de posterpresentatie van Dominique. “Oké, dan moeten we het ook maar opschrijven”, vond Rüdiger.  Dominique en Ianthe gingen enthousiast de uitdaging aan om het paper zelf te schrijven. “Het was heel veel werk, maar erg leuk en ik heb er heel veel van geleerd”, vertelt Dominique. “Niet alleen het schrijven van het artikel, maar ook alle stappen in zo’n publicatieproces zijn een hele belevenis om mee te maken”, vult Ianthe aan.

Precies wat ik zocht
Dominique, inmiddels in het tweede jaar van haar master Molecular and Cellular Life Sciences, weet al dat ze graag wil promoveren. Ianthe, nu tweedejaars bachelor, is erg tevreden met haar overstap naar de bachelor Molecular Life Sciences. “Deze opleiding is precies wat ik zocht. Vanuit hier kan ik uit heel veel masterprogramma’s kiezen, bijvoorbeeld richting computational biologie of bio-informatica. Programmeren kon ik al, maar ik vond het heel interessant om nu eens te zien wat je daarmee voor elkaar kunt krijgen.”

http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2015.00056

30 April 2015

Eerste practicum in nieuwe Koningsberger Onderwijscentrum

labzaal_koningsberger_2
Bachelorstudenten scheikunde en molecular life sciences hadden woensdag 29 april de eer om als eerste de practicumzalen van het nieuwe Victor J. Koningsberger Onderwijscentrum te gebruiken. Het betrof bovendien een dubbele primeur, want ook het betreffende practicum, ‘Protein Stability’, en de bijbehorende cursus ‘Biomolecular Chemistry’ zijn nieuw. “We hebben nu voor het eerst een laboratorium dat echt geschikt is voor een biochemiepracticum. Dat maakt een enorm verschil”, aldus een enthousiaste dr. Stefan Rüdiger, die samen met dr. Eric Huizinga het vak coördineert en het practicum heeft opgezet.

Het was voor de docenten wel even spannend woensdag, een nieuw practicum in een nieuw gebouw. “Pas afgelopen vrijdag mochten we voor het eerst een kijkje nemen in de zalen”, vertelt Rüdiger. “Maar het is heel succesvol verlopen. Aan de ene kant omdat het practicum goed was voorbereid door Danny Schildknegt en andere collega’s van Cellular Protein Chemistry, maar ook omdat de nieuwe practicumzalen super zijn. De layout biedt meer ruimte en als docent heb je in één oogopslag overzicht over de hele zaal. Bovendien is het veel minder lawaaiig. Daardoor kunnen wij de studenten veel effectiever begeleiden. De studenten zijn de hele dag geconcentreerd aan het werk geweest. Het is veel beter dan het in de Piramide was.”

Innovatieve oplossingen
In de nieuwe practicumzalen is een aantal innovatieve oplossingen toegepast. Zo zijn alle leidingen weggewerkt in de vloer en zijn de zuurkasten geïntegreerd in de wand. Hierdoor ogen de zalen overzichtelijk en opgeruimd. Een andere noviteit zijn de beeldschermen voor instructies en presentaties die aan de lange wand hangen.

Energiezuinige afzuiging
Daarnaast is de afzuiging van de zalen en zuurkasten gereguleerd. In de zalen staat de afzuiging standaard op een lagere stand totdat iemand de zaal betreedt. Voor de zuurkasten is de afzuiging afhankelijk van de mate waarin het raam openstaat. Hoe minder het raam openstaat, hoe beperkter de afzuiging. Dat scheelt energie.

Uithangbord
Het Koningsberger Onderwijscentrum telt in totaal zeventien practicumzalen voor de bacherloropleidingen scheikunde, farmacie, biologie, moleculair life sciences, het college of pharmaceutical sciences en biomedische wetenschappen. “Het is een prachtig uithangbord voor het onderwijs an sich en zeker voor het practicumonderwijs”, aldus dr. Eefjan Breukink, onderwijsdirecteur van Scheikunde. “Ik heb alleen nog maar enthousiaste verhalen over het gebouw gehoord.”

Source: UU Intranet

20 April 2014

Ruim 2 miljoen euro voor moleculair eiwitonderzoek naar taaislijmziekte

NWO, topsector Life Sciences & Health en de UK Cystic Fibrosis Trust stellen in totaal ruim 2 miljoen euro beschikbaar voor moleculair eiwitonderzoek naar Cystic Fybrosis, ook wel bekend als taaislijmziekte. Meer specifiek gaat het om onderzoek gericht op het Cystic Fibrosis-eiwit CFTR. De onderzoeksgroep van biochemicus prof. Ineke Braakman (Universiteit Utrecht) is nauw betrokken bij de drie gehonoreerde initiatieven.

Taaislijmziekte is een aangeboren ernstige ziekte. Patiënten hebben vanaf de geboorte veel last van de longen, de alvleesklier, de lever en andere organen. Luchtweginfecties veroorzaken ernstige beschadigingen van de longen, waardoor patiënten vaak op jongvolwassen leeftijd een longtransplantatie nodig hebben of komen te overlijden.

Onderzoekers in de gehonoreerde onderzoeksinitiatieven willen de structuur van het CFTR-eiwit, dat een belangrijke rol speelt bij de ontwikkeling van taaislijmziekte, verder bestuderen. Zo willen de onderzoekers achterhalen welke defecten in het eiwit een rol spelen bij de ontwikkeling van taaislijmziekte. Daarnaast willen zij het werkingsmechanisme van diverse nieuwe medicijnen ontrafelen. Onder andere zal in samenwerking met medicijnontwikkelaar Galapagos de interactie tussen kandidaat-medicijnen en het ziekteproces worden bestuurd,

De volgende onderzoeksprojecten zijn gehonoreerd:

  • Genezing van Taaislijmziekte dichtbij, NWO (ZonMw) TOP-subsidie, € 675.000, samen met Prof. dr. C.K. van der Ent (UMCU, penvoerder), dr. J. Beekman  (Wilhelmina Kinderziekenhuis, UU) en dr. H. de Jonge (Erasmus MC)
  • Disease-modifying drug discovery for the treatment of Cystic Fibrosis including translational aspects to patients,  Topsector Life Sciences & Health, € 350.000, in samenwerking met Galapagos B.V.  en de Nederlandse Cystic Fibrosis Stichting (NCFS, penvoerder). De NCFS en Galapagos financieren 280 duizend euro van de totale subsidie.
  • Strategic Research Centre to break new ground in cystic fibrosis science, UK Cystic Fibrosis Trust, £ 750.000, samen met Dr. D. Sheppard (University of Bristol, penvoerder), Prof. R. Ford (University of Manchester), dr. P. Vergani (University College Londen) en Prof. F. Becq (Université de Poitiers).

Source: NWO

20 februari 2014

Christina Onderzoek Subsidie 2014 van de Nederlandse Cystic Fibrosis Stichting

Ineke Braakman krijgt 50.000 euro voor onderzoek naar taaislijmziekte

Ineke Braakman, hoogleraar Cellulaire eiwitchemie, krijgt van de Nederlandse Cystic Fibrosis Stichting (NCFS) de Christina Onderzoek Subsidie 2014. Ze ontvangt 50.000 euro voor onderzoek naar het vouwen van eiwitten. Dit kan bijdragen aan het ontwikkelen van nieuwe medicijnen tegen taaislijmziekte oftewel cystic fibrosis.

Braakman onderzoekt met haar groep de aanmaak en het transport van eiwitten in cellen. Taaislijmziekte wordt veroorzaakt doordat een bepaald eiwit zich niet goed vouwt en zo zijn functie niet kan uitvoeren. In het winnende onderzoeksproject gaat Braakman bekijken welke vouwingsassistenten helpen bij het opvouwen van eiwitten in de cel. Door deze assistenten te identificeren kunnen nieuwe aangrijpingspunten voor medicijnen worden gevonden die helpen om de oorzaak van taaislijmziekte in de cel aan te pakken.

Christina Onderzoek Subsidie

De NCFS stelt elk jaar de Christina Onderzoek Subsidie ter beschikking. Deze is bedoeld voor wetenschappelijk onderzoek met betrekking tot (de behandeling van) cystic fibrosis. Het project van Braakman werd gekozen uit 11 projecten na beoordeling door buitenlandse experts, patiënten en ouders. “Wij zijn enorm blij met deze prijs”, zegt Braakman. “Het is een pluim voor mijn groep maar we zijn er vooral trots op dat ons project door patiënten en ouders op nummer 1 is gezet.”

Life Sciences

Dit onderzoek sluit nauw aan bij het strategische onderzoeksthema Life Sciences van de Universiteit Utrecht, onder het subthema One Health/Public Health. Dit bundelt het onderzoek naar infectieziekten en het immuunsysteem, hart- en vaatziekten, voeding en gezondheid en translational neurosciences.